Αρμόδια όργανα για την οργάνωση, διοίκηση και λειτουργία του Π.Μ.Σ. είναι:
- Η Σύγκλητος του Πανεπιστήμιου Κρήτης.
- Η Συνέλευση του Τμήματος Ψυχολογίας.
- Η Διευθύντρια του Π.Μ.Σ. Διευθύντρια είναι η κυρία Σοφία Τριλίβα και Αναπληρώτρια Διευθύντρια η κυρία Αικατερίνη Κούτρα.
Η Διευθύντρια του Π.Μ.Σ. έχει τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) προεδρεύει της Συντονιστικής Επιτροπής,
β) εισηγείται στη Συνέλευση του Τμήματος τα θέματα που αφορούν στην οργάνωση και λειτουργία του Π.Μ.Σ.
- Η Συντονιστική Επιτροπή (Σ.Ε.), η οποία αποτελείται από την Διευθύντρια του Π.Μ.Σ. και τέσσερα (4) μέλη Δ.Ε.Π. του Τμήματος, που προέρχονται από τους/ τις Διδάσκοντες/ουσες του Π.Μ.Σ, που έχουν συναφές γνωστικό αντικείμενο με αυτό το Π.Μ.Σ. και ορίζονται από τη Συνέλευση του Τμήματος.
Η Σ.Ε. είναι αρμόδια για την παρακολούθηση και τον συντονισμό της λειτουργίας του προγράμματος και ιδίως:
α) καταρτίζει τον αρχικό ετήσιο προϋπολογισμό του Π.Μ.Σ. και τις τροποποιήσεις του, εφόσον το Π.Μ.Σ. διαθέτει πόρους σύμφωνα με το άρθρο 84 του Ν. 4957/2022, και εισηγείται την έγκρισή του στην Επιτροπή Ερευνών του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.)
β) καταρτίζει τον απολογισμό του προγράμματος και εισηγείται την έγκρισή του στη Συνέλευση του Τμήματος,
γ) εγκρίνει τη διενέργεια δαπανών του Π.Μ.Σ.,
δ) εγκρίνει τη χορήγηση υποτροφιών, ανταποδοτικών ή μη, σύμφωνα με όσα ορίζονται στην απόφαση ίδρυσης του Π.Μ.Σ. και τον Κανονισμό μεταπτυχιακών και διδακτορικών σπουδών,
ε) εισηγείται στη Συνέλευση του Τμήματος την κατανομή του διδακτικού έργου και την ανάθεση διδακτικού έργου στις κατηγορίες διδασκόντων του άρθρου 83 του ν. 4957/2022,
στ) εισηγείται στη Συνέλευση του Τμήματος την πρόσκληση Επισκεπτών/τριών Καθηγητών/τριών για την κάλυψη διδακτικών αναγκών του Π.Μ.Σ.,
ζ) καταρτίζει σχέδιο για την τροποποίηση του προγράμματος σπουδών, το οποίο υποβάλλει στη Συνέλευση του Τμήματος,
η) εισηγείται στη Συνέλευση του Τμήματος την ανακατανομή των μαθημάτων μεταξύ των ακαδημαϊκών εξαμήνων, καθώς και θέματα που σχετίζονται με την ποιοτική αναβάθμιση του προγράμματος σπουδών.